با تمام مزایایی که از دنده شانه ای در قسمت قبل گفته شد این مکانیزم دارای محدودیت ها و معایبی هست که ممکن است در بعضی از کابردها به عنوان یک عامل محدود کننده عمل کند. مهم‌ترین معایب دنده شانه‌ای عبارتند از:

سایش سریع‌تر در مقایسه با برخی دیگر از مکانیزم‌ها: به دلیل وجود اصطکاک بالا و همچنین تماس مستقیم دندانه های چرخ دنده با شانه احتمال سایش و فرسودگی سریع تر در دنده شانه ای نسبت به برخی دیگر از مکانیزم‌ها مانند تسمه یا زنجیر وجود دارد. این امر در شرایط کاری سخت مانند بارگذاری زیاد و سرعت‌های بالا بیشتر مشاهده می‌شود.
تولید صدای بیشتر : دنده شانه ای هنگام کار صدای بیشتری در مقایسه با سایر مکانیزم ها تولید می‌کند. صدای تولید شده ناشی از اصطکاک بین دندانه ها و شانه و همچنین ارتعاشات ایجاد شده در سیستم است.
حساسیت به آلودگی :عواملی مانند وجود ذرات گرد و غبار، براده و سایر آلودگی بین دندانه و شانه می‌تواند باعث افزایش اصطکاک، سایش و همچنین کاهش عمر مفید دنده شانه ای شود.
محدودیت در طول حرکت خطی :طول حرکت خطی در دنده شانه ای محدود است برای ایجاد حرکت خطی طولانی به چندین دنده شانه ای یا مکانیزم های دیگری نیاز است.
عدم دقت بالا در سرعت‌های بسیار کم :دقت حرکت خطی در دنده شانه ای در سرعت های پایین بسیار کم است و همین امر موجب می‌شود که حرکت یکنواختی نداشته باشد.
امکان گیر کردن دندانه‌ها : در شرایط کاری نامناسب، این احتمال وجود دارد که دندانه‌های چرخ‌دنده در شانه گیر کنند و باعث به وجود آمدن اختلال در عملکرد سیستم شوند.